El 16 de noviembre de 1948 se iniciaron los trámites pertinentes para la apertura de los programas académicos propuestos por los fundadores, un grupo de jóvenes liderado por Mario Laserna Pinzón. Como parte de la concepción de la Universidad, estaba claro que esta debía tener una misión investigadora, y que se dedicaría tanto a las ciencias puras, como a las aplicadas y a las sociales..
En febrero de 1949, el Ministerio de Educación Nacional mediante la Resolución Nº 167 aprobó los estatutos y los programas académicos propuestos. Así se convirtió en la primera institución de educación superior privada en Colombia de carácter laico e independiente de partidos políticos. Desde este momento, las Ciencias Básicas fueron parte fundamental de la misión y de los programas de educación superior ofrecidos. El 29 de marzo se iniciaron clases con ochenta estudiantes. La Universidad estaba compuesta por las facultades llamadas en ese momento “escuelas profesionales" (Arquitectura, Economía, Química, Ingeniería Química, Ingeniería Eléctrica, Matemáticas y Física, e Idiomas); además del Colegio de Estudios Superiores que impartía formación humanística y estudios de especialización en ciencias sociales, ciencias naturales, ciencias exactas y lenguas.
Para este año, Física y Matemáticas se organizaron de manera independiente como Departamentos, el profesor John Horvath fue jefe de Matemáticas hasta 1957, y el profesor Henry Yerly jefe de Física desde 1951 hasta 1960.
En este año, se comenzó a explorar la posibilidad de establecer un programa de Ciencias Naturales, una iniciativa que en ese momento fue promovida por Hernando Groot. De esta forma, el Departamento inició sus actividades como área de servicio para todos los programas académicos que existían en ese entonces, y se aprobó la sección femenina de ciencias, con Elizabeth Grosse como su directora. Este fue el inicio de la exploración de una perspectiva visionaria con respecto a las Ciencias Biológicas.
Se creó la unidad académica de Ciencias y el programa de Bacteriología. Las ciencias biológicas comenzaron a tomar una gran importancia en muchos campos del conocimiento dentro de la Universidad.
A comienzos de este año tuvo lugar la Escuela de Bacteriología, que otorgaba un título de Licenciatura. En la segunda mitad de este año, con el auspicio de la Fundación Rockefeller, que apoyó muchos proyectos de la Universidad en ese periodo, se crearon los Departamentos de Biología y de Microbiología, los cuales prestaban servicios al curso premédico creado en ese mismo año. Para este momento, los Departamentos mencionados comenzaban a tomar un tinte de Facultad dentro de la Universidad, se reagruparon, y ya se comenzaba a hablar de una Facultad de Ciencias.
La Directora de la Escuela de Bacteriología, Elizabeth Grosse, solicitó a los directivos de la Universidad ser adscrita a la Facultad de Ciencias. En julio de este año, se realizó el Seminario Internacional de Matemáticas, promovido por la UNESCO, fue un acontecimiento académico que significó para la Universidad una proyección internacional muy importante, y le permitió posicionarse a la vanguardia en el país en términos del estudio de las matemáticas.
A partir de la unificación de las ciencias, la presencia del premédico, un proyecto innovador que buscaba impartir formación integral a los futuros médicos mediante una alianza con la Universidad del Valle, hizo que la Facultad de Ciencias cobrara importancia en el contexto académico de la Universidad, por este motivo, en abril de 1960, el Consejo nombró un comité para evaluar el futuro de esta unidad académica.
Durante este año, el Comité nombrado por el Consejo Superior trabajó en la propuesta que iba a presentar con respecto al futuro de la Facultad de Ciencias.
El Consejo Directivo resolvió dejar en claro la Escuela de Ciencias, la nueva Facultad que había estado emergiendo, y el curso premédico que se confundía con la Escuela de Ciencias Naturales de la que hacía parte. En este orden de ideas, el premédico quedó como Escuela de Ciencias. Y lo que se había denominado desde un inicio como Colegio de Estudios Superiores, en adelante se llamaría Facultad de Artes y Ciencias. Así, a partir del 4 de mayo de 1962, Hernando Groot fue designado Decano de esta nueva Facultad y encargado por un tiempo de la Escuela de Ciencias. En noviembre, la nueva estructura de esta Facultad de Artes y Ciencias ya estaba definida. Los departamentos académicos como Matemáticas, Física, Química, Biología, Microbiología, Humanidades, Castellano y Lenguas Modernas, se desprendieron de sus Facultades y pasaron a conformar Artes y Ciencias, y desaparecieron así Ciencias Biológicas y Ciencias Exactas. Inició actividades el primer centro de investigación de la Facultad, el Instituto de Genética, bajo la dirección de Hugo Hoenigsberg.
La Facultad se consolidaba cada vez más gracias a las nuevas licenciaturas que se fueron abriendo. La Universidad, por su parte, buscaba contribuir a la divulgación y aprendizaje de las ciencias, así como a la capacitación de los docentes de educación secundaria para mejorar la enseñanza en esta etapa. El primer departamento en iniciar este reto fue el Departamento de Matemáticas. Fue así como, en octubre, el Director de Matemáticas Henri Yerly presentó ante el Consejo Académico la solicitud de apertura de la licenciatura de Matemáticas y Física, y de la licenciatura de Matemáticas. La solicitud fue aprobada. Posteriormente, el 16 de diciembre, el Consejo Académico también dio vía libre a la Licenciatura en Tecnología Médica y a la Licenciatura de Microbiología, pertenecientes al Departamento de Bacteriología.
Para este momento se empezaba a implementar un innovador sistema que consistía en que todos los estudiantes de la Universidad que comenzaban, debían matricularse en la Facultad de Artes y Ciencias, donde debían cursar durante cuatro semestres un ciclo básico de estudios generales sobre las ciencias básicas y las ciencias humanas.
A pesar de las dificultades naturales que surgieron al implementar un sistema novedoso de formación superior en el país, como lo fue el ciclo de estudios generales, en agosto de 1965 la Universidad de los Andes fue la sede de la tercera reunión con instituciones de Latinoamérica y Estados Unidos, en la que se discutieron las bondades de la formación integral de estudiantes a través de este ciclo básico. En octubre, el Departamento de Biología presentó ante el Consejo un programa para la formación de profesores de biología de educación secundaria. Por esta misma época, iniciaban las maestrías en Biología y Microbiología, siguiendo así los retos futuros para estas áreas del conocimiento.
Gracias a los novedosos programas que habían surgido de la Facultad de Artes y Ciencias, al ciclo general que debían cursar todos los estudiantes, y a las nuevas licenciaturas que abarcaban un panorama amplio de áreas del conocimiento, para esta época la Facultad estaba posicionada como la columna vertebral académica de la Universidad de los Andes.
Se creó el Laboratorio de Microbiología y Parasitología, actualmente llamado CIMPAT, con el auspicio del Gobierno de Holanda, mediante un convenio bilateral entre el Gobierno de los Países Bajos y la Universidad. El Laboratorio sería dirigido por el profesor C. J. Marinkelle.
La Facultad de Artes y Ciencias continuaba siendo la más grande dentro de la Universidad. Para ese entonces, se ofrecían licenciaturas en Antropología, Bacteriología y Ciencias Naturales, Biología, Ciencia Política, Lenguas Modernas, Matemáticas, Microbiología, Psicología, y maestrías en Biología y Microbiología. También dependían de la Facultad el reciente Departamento de Educación y los departamentos de Química y Física, que ofrecían sus servicios a otras facultades y departamentos. En este año se consagró la investigación con la apertura del Centro de Investigaciones Microbiológicas CIMIC, bajo la dirección de Elisabeth Grosse, este Centro se especializó en el control microbiológico de los alimentos y, por lo tanto, prestaba asesoría al sector industrial. Los departamentos de Biología y Microbiología se fusionaron para convertirse en el Departamento de Ciencias Biológicas. Por su parte, del Departamento de Física, que gozaba de una planta de profesores extranjeros y colombianos, se fortaleció con el nombramiento de Alonso Rueda, egresado de la Universidad de los Andes que venía de cursar su doctorado en la Universidad de Cornell. De esta manera, se atrajo a más profesores extranjeros y se multiplicó la participación de sus profesores en eventos internacionales.
Se hizo un reajuste al currículo del pregrado de Matemáticas y se reinició un posgrado en Matemáticas Aplicadas, que tenía como objetivo responder a las necesidades de formación para técnicos, ingenieros y economistas.
El Departamento de Matemáticas se había consolidado como uno de los más fuertes y de proyección internacional. Bajo la dirección del profesor Alberto Schotborgh se desarrolló un programa dirigido a la formación de profesores.
Tuvo lugar un seminario internacional organizado por el Departamento de Matemáticas junto con la Universidad Nacional y la Universidad Pedagógica. Gracias a este se vincularon profesores extranjeros y egresados que habían cursado posgrados en otros lugares del mundo. El Departamento de Biología empezó a ofrecer una especialización en Biología Médica dirigida a bacteriólogos, que sumó a los frutos cosechados con los posgrados de Biología y Microbiología implementados a mediados de la década de 1960. El departamento de Física ofreció a toda la Universidad cursos de concentración en Física.
A través de la alianza hecha con la Universidad Johannes Gutenberg de Mainz, Alemania, gracias al profesor Peter Konder, se produjo un programa de apoyo en el Departamento de Matemáticas, a través del cual llegaron profesores alemanes a dirigir seminarios avanzados y a llevar a estudiantes de los Andes a cursar posgrados en Alemania. El Departamento de Física, en consecuencia a sus grandes avances, inició su programa académico de formación aprobado por el Consejo Académico. Gracias a una donación del Gobierno de la República Federal de Alemania, y al apoyo científico de la Universidad de Hamburgo y Maguncia, se abrió el Laboratorio de Zoología y Ecología Animal dirigido por Ewald Roessler.
El progreso y los adelantos obtenidos por el Departamento de Física se hicieron visibles en la organización exitosa del seminario internacional con ocasión de los cien años del natalicio de Albert Einstein.
Se organizaron los estudios de genética dentro del Departamento de Biología. El Departamento de Física recibió la visita del profesor Abdus Salam, premio Nobel de Física en 1979. Fue así como la licenciatura empezó a adquirir una imagen sólida dentro de la institución.
El nuevo seminario internacional de Física contó con la participación del profesor Galileo Violini. Se realizó un importante seminario de Lógica Simbólica que reunió a grandes e importantes matemáticos de varios países en la Universidad de los Andes. En este momento, el área de las ciencias biológicas dio pasos agigantados con la creación del doctorado en Genética Humana y con la apertura de cursos en bioquímica, medioambiente y tecnología de alimentos.
El Departamento de Física ayudó en la realización de la Escuela Latinoamericana de Física, llamada ELEAF, en la ciudad de Cali. Por esta época, el Dr. Mauricio Obregón planteó la posibilidad de dejar a un lado el concepto de “artes y ciencias" y abrir a una Facultad de Ciencias Exactas, el Comité de Desarrollo recibió esta sugerencia para estudiarla y evaluarla.
En este año se hizo una reestructuración en la organización académica; se tomó la decisión de dividir la Facultad de Artes y Ciencias y, después de un proceso largo de consultas, esta división se aprobó y entró en vigencia en el segundo semestre de este año. De esta manera, los departamentos de Matemáticas, Física, Ciencias Biológicas y el área de Química, se agruparon en la Facultad de Ciencias.
La nueva estructura académica de la Facultad de Ciencias animó a los departamentos a transformar y reestructurar algunos aspectos, para así afianzar los estudios y acondicionarse a nuevos perfiles aplicados a otras áreas del conocimiento. Para el mes de junio se inauguró Biocómputo, con ocho microcomputadores IBM que tenían como objetivo apoyar las investigaciones del Departamento de Ciencias Biológicas, el director de esta sala fue Álvaro Espinel.
Se inauguró el edificio M para Ciencias Biológicas como parte de la celebración de los cuarenta años de la Universidad de los Andes.
El Consejo Académico aprobó el primer programa de Doctorado en Ciencias Biológicas que se desarrolló en conjunto con el Departamento de Biología de la Universidad de York en Toronto, Canadá, esto como parte de un convenio de colaboración interinstitucional.
En este periodo ya era natural conocer los frutos del esmerado trabajo de la Facultad de Ciencias, así que se aprobó la maestría en Física. Biología, por su parte, modificó sus posgrados, anteriormente entregaba magíster en Biología y Microbiología, pero desde esta fecha se unificaron en el Magister en Ciencias – Biología. Para este periodo se cerró el programa de Bacteriología, se consolidó el programa doctoral y se desarrolló la infraestructura necesaria para desarrollar la investigación.
El Departamento de Física propuso otro doctorado en conjunto con otra institución, al igual que lo había hecho años atrás Ciencias Biológicas, pero esta vez con la Universidad Estatal de Michigan.
Se aprueba el Doctorado en Física, con esto el Departamento inicia un proceso más acelerado de evolución en la investigación.
En el año 2000 se presentaron ante el Consejo Nacional de Acreditación, CNA, 15 programas de la Universidad, de los cuales 11 recibieron la Resolución en enero de 2001. Entre estos 11 se encontraban Física, Matemáticas, Biología y Microbiología.
Como resultado de la consolidación académica del Departamento de Química, que hasta este momento había sido de servicios, el 6 de agosto se aprobó la creación del programa de pregrado de esta ciencia. Así se completaban los programas de ciencias básicas en la Universidad y se fortalecía la capacidad investigativa de la Facultad de Ciencias. El ICFES renovó la aprobación del doctorado en Biología.
El ICFES, en marzo de este año, aprobó el doctorado de Matemáticas.
Nuestra Facultad de Ciencias se consolida como la facultad con mejores carreras en Ciencias Exactas de Colombia, según el World University Rankings by subject, de la firma Times Higher Education, que clasifica las mejores facultades y carreras del mundo.