La genómica y la transcriptómica son áreas claves en el estudio de la biodiversidad y la evolución. Estas áreas permiten, por ejemplo, identificar variantes genéticas que diferencian a las poblaciones y las especies, identificar genes candidatos asociados a rasgos de interés, reconstruir relaciones evolutivas, e identificar genes que se expresan diferencialmente entre dos condiciones. En este taller partiremos desde usar la línea de comandos, hasta realizar análisis de genética de poblaciones usando datos genómicos, y análisis de genes diferencialmente expresados usando datos transcriptómicos. El taller es fundamentalmente práctico y usaremos programas como bwa, GATK, vcftools, fastree, y R. Queremos que los participantes se familiaricen con la estructura, el manejo, y el análisis de datos genómicos y transcriptómicos para que puedan aplicarlo en sus proyectos futuros.

El taller es organizado por la ONG SELVA y la Universidad de los Andes con el apoyo de la Sociedad para el Estudio de la Evolución SSE. Nuestra intención es contribuir a fortalecer la capacidad colombiana de usar datos genómicos y transcriptómicos en el estudio de nuestra biodiversidad. Las personas interesadas en participar deben preinscribirse y de ellas seleccionaremos 30 participantes. Tenemos becas disponibles que se asignarán de acuerdo con las necesidades de los participantes siguiendo criterios de diversidad, equidad, e inclusión, y priorizando a personas de comunidades tradicionalmente excluidas. El curso será dictado en español y no se requiere experiencia previa en genómica o bioinformática, pero se requieren bases teóricas en evolución, genética, y biología molecular.

Al finalizar el taller los participantes estarán en capacidad de:

• Utilizar la línea de comandos para manejar y analizar archivos de datos genómicos.
• Reconocer y usar la estructura y la información disponible en archivos de uso común en genómica como los archivos de secuencias (fasta and fastq), de mapas de alineamientos de secuencias (SAM), y de llamado de variantes (VCF).
• Usar archivos VCF para hacer análisis básicos de genética de poblaciones y filogenómica.
• Usar datos transcriptómicos para identificar genes diferencialmente expresados.